Se considera que en este sitio es donde entregó Santa María de Guadalupe las flores a San Juan Diego. Y por encargo del Arzobispo Fran Juan de Zumárraga en 1531, Juan Diego, Juan Bernardino y otros más, inician la construcción de una primera Ermita.
En esa época, la noticia acerca de las apariciones y milagros se extendieron por toda la región, y a este lugar comienza a asistir gran cantidad de gente, para admirar y venerar a la Santísima Virgen de Guadalupe.
Aquí vivió San Juan Diego sus últimos 17 años, custodiando la milagrosa tilma Guadalupana. Según los cronistas, en el mes de Mayo de 1544 aquí mismo fue enterrado Juan Bernardino, y en el mes de Junio de 1548 el venturoso indio Juan Diego. En 1556 Fray Alonso de Montufar, Arzobispo de México, encargó sea cuidadosamente remozada la Ermita.
Aquí se albergó de 1853 a 1896 el estandarte de la Virgen, que Don Miguel Hidalgo y Costilla, Padre de la Patria, toma del Santuario de Atotonilco para llamar a la independencia de México.
Actualmente en el costado oriente de la capilla de indios se encuentra una cruz indicativa, del lugar donde se estima que vivió San Juan Diego. Por el lado Norte o trasero de la capilla, está el famoso árbol de Cazahuate, que también indica donde se apareció la Virgen a San Juan Diego.
Estas Sagradas Ermitas se localizan ahora, en lo que es la sacristía de la capilla de Indios, y todavía se distinguen algunas partes originales, que los visitantes pueden conocer y sentir lo prodigioso del lugar.
De esta capilla, el día 27 de Abril de 1709, se trasladó la tilma Guadalupana a su nuevo templo Basílica; ahora templo expiatorio.
